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Genau wie wir Menschen verfügen auch Zwergbartagamen über verschiedene Sinnesorgane. Die Augen 
Die Augen sind bei der Zwergbartagame äußerst gut ausgeprägt. Als Ansitzjäger nehmen sie Insekten auch in größerer Entfernung wahr und fixieren diese. Bewegt sich das Insekt wird es erjagt. Als tagaktives Reptil verfügen Zwergbartagamen über eine rundliche Pupille. Diese ist bei nachtaktiven Tieren eher schlitzförmig. Genauso wie unsere Pupillen, reagieren sie auf Lichteinfall und ziehen sich entweder zusammen, oder weiten sich um besser wahrnehmen zu können. Ihre Augen sind sehr gut entwickelt, so können sie auch Farben unterscheiden. Neben den Augenliedern verfügen Zwergbartagamen über ein so genanntes drittes Augenlied. Dieses wird als Schutz über das Auge geschoben. Direkt vor ihrer Schnauze haben Zwergbartagamen einen toten Winkel. Um diesen zu überbrücken neigen sie ihren Kopf in bestimmten Situation leicht zur Seite, um so Bewegungen wahrzunehmen die sonst im toten Winkel verschwinden würden. Oft wird berichtet, das die Zwergbartagame ihre Augen schliesst wenn man sie streichelt. Dies wird leider immer wieder als Wohlempfinden falsch interpretiert. In der Tat schützt das Tier in diesem Moment seine Augen und drück so auch Unwohlsein aus. Das Ohr 
Das Ohr der Zwergbartagame ist im Verhältniss zu den anderen Sinnesorganen weniger gut ausgeprägt. Es wurde leider noch nicht genug erforscht. In Beobachtungen kann man allerdings erkennen, das sie auf manche Geräusche mehr und auf andere weniger reagieren. Im Aufbau und der Funktionalität ähnelt das Ohr dem aller höher entwickelten Wirbeltieren. Das Ohr erkennt man seitlich des Kopfes. Von der äußerlichen Form her scheint es oval. Das Trommelfell kann man ebenfalls sehr gut erkennen. Parietalauge/Scheitelauge 
Oberhalb des Kopfes findet sich eine kleine veränderte Schuppe, das so genannte Interparietalschild. Das darunter liegende Parietalauge oder auch Scheitelauge ist ein nach oben gerichtetes, unpaares Auge mit Linse, Glaskörper und Sehzellen; es fehlt hier nur die Pupille. Die Entwicklung ist eher primitiv, so das man hier nicht wirklich von einem Auge sprechen kann. Dennoch ist es für die Tiere ein wichtiges Sinnesorgan. Bei genauerem hinsehen erkennt man ein kleines helles Bläschen. Es wird auch als sogenanntes "drittes Auge" bezeichnet, mit dem die Tiere Reize, wie Helligkeit, Tag- Nachtrhytmus und vermutlich auch den Wechsel der Jahreszeiten wahrnehmen können. Die Zunge 
Die Zunge der Zwergbartagame ist hellorange gefärbt und eher fleischig. Sie scheint auch ein wenig klebrig zu sein, so das die Zwergbartagame die erjagten Insekten mit der Zunge festhält, bevor sie zubeisst. Wer sein Tier einmal genau beim fressen zusieht, kann dieses sehr gut beobachten. Zwergbartagamen besitzen eine zweizipflige Zungenspitze. Mit den Zungenspitzen werden die Geruchsstoffe zum so genannten Jacobsonschen Organ geführt und dort verarbeitet. Das Jacobsonsche Organ ist von der Nasenhöhle weitgehend getrennt und sitzt als rundliche Tasche im primären Gaumen. Die Geruchsreize werden über die Mundhöhle über einen Ausführungskanal an das Jacobsonsche Organ weitergeleitet. Aber nicht nur zum jagen und festhalten der Beute, sowie zur Aufnahme des Geruchs ist die Zunge der Zwergbartagame hervorragend. Sie eignet sich auch sehr gut um Artgenossen wahrzunehmen und Gegenstände zu erkunden. Hierzu züngeln die Tiere oft, "belecken" ihre Artgenossen und auch uns Menschen um so Informationen zu erhalten und diese zu verarbeiten. Neues wird so erforscht und vertrautes wieder erkannt.
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